ABSTRACT
Introduction Les personnels hospitaliers sont exposés au SARS-CoV-2 dans leur milieu professionnel et en communauté. Notre objectif était de comparer les profils et les sources d'exposition des personnels hospitaliers ayant une infection COVID documentée au cours de périodes de circulation du variant historique et du variant Omicron. Matériels et méthodes Cette étude de cohorte comparative bicentrique a été menée dans deux centres hospitaliers universitaires de la même région: du 11/03 au 10/04/2020 (période 1, hôpital 1), et du 02/01 au 22/02/2022 (période 2, hôpital 2). Nous avons considéré que le variant historique était majoritaire en période 1 et le variant Omicron en période 2 (96% des souches séquencées au 3/1/2022 au niveau national, source Santé Publique France). Dans les deux hôpitaux, tout personnel symptomatique était dépisté par RT-PCR. En période 2, les personnels asymptomatiques contacts étaient également dépistés. Les personnels ayant une RT-PCR positive au SARS-CoV-2 étaient interrogés sur leur profession, leurs symptômes, leurs expositions au SARS-CoV-2 dans les 10 jours précédents, et leur statut vaccinal COVID (en période 2). La campagne de vaccination a débuté dans les deux hôpitaux le 4/1/2021. Résultats Au total, 227 personnels positifs ont été inclus en période 1 et 333 en période 2, majoritairement des femmes: respectivement 79% (180/227) et 85% (282/333). L'âge médian était de 42 ans (IQR=30-53) en période 1, et 37 ans (IQR=30-47) en période 2 et le délai médian de dépistage après l'apparition des symptômes respectivement de 3 jours (IQR=1-4) et 1 jour (IQR=0-2). La proportion d'infirmier(e)s était supérieure à celle des autres professions, et plus élevée en période 2 (33%, 111/333) qu'en période 1 (23%, 52/227;p=0.0047). La majorité des personnels étaient à jour sur leur schéma d'immunisation: médicaux, 94% (59/63) et non médicaux, 64% (136/213). Les expositions étaient principalement hospitalières en période 1: contact avec un patient (25%, 57/227) ou un collègue (36%, 81/227). En deuxième période, les expositions aux patients et collègues étaient minoritaires, respectivement 2% (5/333) et 14% (48/333), à l'inverse des expositions communautaires, 38% (128/333). Conclusion Le profil des personnels dépistés positifs a été modifié lors de la circulation d'Omicron. De nombreux facteurs sont à prendre en compte pour expliquer ces changements: vaccination, modification des expositions (accès aux équipements de protection, levée du confinement…) et des comportements. Mieux comprendre les sources d'infection chez les soignants est un enjeu majeur à la fois dans le cadre de la prévention du risque pour les soignants mais également dans la lutte contre les infections nosocomiales. Aucun lien d'intérêt
ABSTRACT
Background: The COVID-19 pandemic has been striking for three years and, despite the regular arise of new variants, populations are now widely immune and protected from severe symptoms. However, immunocompromised patients still have worse clinical outcomes, higher mortality and rarely develop effective immunity through vaccination or infection. Here, we studied the temporal distribution of infections, viral loads (VL) as well as the viral genetic diversity among an immunocompromised patient cohort, between January 2021 and September 2022. Method(s): Overall, 478 immunocompromised patients (solid organ transplant, HIV positive, cancer, autoimmune disease) and 234 controls (healthcare workers) from Pitie-Salpetriere and Bichat Claude-Bernard University hospitals (Paris, FRANCE) were diagnosed with SARS-CoV-2 infection by RT-qPCR. Whole genome sequencing was performed according to ARTIC protocol on Oxford Nanopore platform. All 712 full viral genomes were used to determine lineages and mapped to Wuhan-Hu-1 reference to produce a maximum likelihood phylogenetic tree (IQTree, 1000 bootstraps). Differences in temporal distributions of infections and VL were assessed using nonparametric statistical tests. Result(s): According to phylogenetic analysis, genomes from SARS-CoV- 2 infecting immunocompromised patients and those infecting healthy individuals are distributed in a similar way. No significant genetic differences can be observed between viral genomes from patients and controls within the different lineages. Temporal distribution of COVID-19 infections were also similar between immunocompromised patients and controls, with the exception of BA.2 variant for which controls were infected earlier (p< 0.001). VL were significantly lower in immunocompromised patients infected with Omicron variants (p=0.04). No differences in VL were observed for Alpha and Delta variants. Conclusion(s): At diagnosis, no intrinsic genetic divergence was observed in virus infecting immunocompromised patients compared to those circulating in the general population. Similarities in temporal distribution of infections between controls and patients suggest that these different groups become infected concomitantly. VL appeared to be lower for Omicron variants in immunocompromised patients. An earlier VL peak of Omicron and a testing of immunocompromised patients hospitalized once severe symptoms have appeared could indicate a delayed testing in these patients, once the replicative phase over. (Figure Presented).
ABSTRACT
Background: In 2018 we reported the emergence of the new HIV-1 recombinant CRF94-02BF2 involved in a large transmission cluster of 49 French MSM mostly infected in 2016-2017. This CRF94 raised concerns of enhanced virulence. Prevention actions were undertaken in the area and population affected. This study reported the molecular and epidemiological evolution of this CRF94 until June 2022. Method(s): In 2021-2022, French sequence databases were screened for patients infected with HIV-1 subtype CRF94 or similar strain. HIV subtyping was confirmed by phylogenetic analysis of genes encoding both protease and reverse transcriptase (1070bps), and integrase (696bps) using IQ-Tree. Five whole genomes, related but distinct from CRF94, were obtained with the DeepChek assay Whole Genome kits. Recombination breakpoints were estimated using RDP4 and SimPlot. Mann-Whitney and LogRank tests were used for statistical analyses to compare patients' characteristics. Result(s): In June 2022, 49 new HIV-1 sequences were collected: 14 clustered with the 49 previous CRF94, 32 formed a new cluster next to but distinct from CRF94, and 3 strains could not be classified. Analysis of 5 whole genomes from the new cluster revealed a new recombinant, the CRF132-94B, mainly consisting of CRF94 which recombined with subtype B in the POL and accessory genes. Vif gene changed from the F2 to the B subtype. Both CRF94 and 132 clusters involved >95% of MSM, mostly infected < 1 year before diagnosis. However, there were differences: 97% were diagnosed in 2013-2019 for CRF94 vs 90% in 2020-2022 for CRF132. At time of diagnosis, 33% of patients infected with CRF94 knew the Prep vs 95% for CRF132. In the cluster CRF94, patients were older (34 vs 30 years, p=0.02), had higher viral loads (5.42 vs 4.42 log10 copies/Ml;p< 0.001), a lower CD4 cell counts (358 vs 508 /mm3, p=0.002). On treatment, the patients with the CRF94 reached viremia < 50 copies/Ml significantly later than those infected with CRF132 (p=0.0002). The prevention activities targeting the CRF94 cluster could explained the few patients infected with this strain after 2018. The CRF132 is mainly located in another Paris region area, but no specific transmission place has been identified. Conclusion(s): After 2019, the CRF94 spread seems greatly slowed down but the very close CRF132-94B has given birth to a new highly active cluster in 2020- 2022, despite the COVID social-distancing and a strong knowledge of the Prep. CRF132 appears to be less virulent perhaps due to the Vif gene change. Identified breakpoints positions of the new HIV-1 CRF132-94B. GenBank accession numbers of the five references : ON901787 to ON901791.
ABSTRACT
Background: At the end of 2021, concomitantly with the beginning of Omicron variant circulation, pre-exposure prophylaxis with the dual monoclonal long-acting monoclonal antibodies tixagevimab/cilgavimab became available in France to protect patients non-responding or non-eligible to SARS-CoV-2 vaccination at risk of severe COVID-19. Method(s): This study included patients who received tixagevimab/cilgavimab for pre-exposure prophylaxis independently of vaccination status or previous SARS-CoV-2 infection. This prophylaxis strategy was implemented at the Bichat-Claude Bernard University Hospital, Paris since December 2021 Last date of follow-up was November 1st, 2022. Incident SARS-CoV-2 infections were detected based on positive RT-PCR result and/or anti-nucleocapsid antibodies seroconversion. Severe COVID-19 was defined as an infection leading to an hospitalization requiring oxygenotherapy and/or high dose corticotherapy. Result(s): Among the 275 patients who received a tixagevimab/cilgavimab preexposure prophylaxis, 55% (n=153) were solid organ transplant recipients (50% lung, 46% kidney, 4% heart transplants), 42% (n=116) had an autoimmune disease, and 3% (n=6) had other indications. 51% (n=141) of all patients received rituximab. No severe adverse event of tixagevimab/cilgavimab was observed. Incident SARS-CoV-2 infection was diagnosed in 67 patients (24%). Among them, 59% (n=40) were solid organ transplant recipients, 36% (n=24) had an autoimmune disease and overall 52% had received rituximab. For the 56 patients whose infection date was available, the median delay between the last infusion of tixagevimab/cilgavimab and SARS-CoV-2 infection was 62 days (IQR=[30-97]). During the study period, 57% of incident infections occurred between December 17th, 2021 and May 31st, 2022, when BA.1 and BA.2 were the major Omicron sublineages in France, and 43% between June 1st, 2022 and November 2022 1st, a period during which BA.4 and BA.5 were predominant in France. Severe COVID-19 occurred in 6 patients out of 67 (9%);5 were solid organ transplant recipients and 3 received rituximab. No death due to COVID-19 was reported. Conclusion(s): Overall, 76% of patients receiving pre-exposure prophylaxis with tixagevimab/cilgavimab had no incident SARS-CoV-2 infection during the study period. Severe COVID-19 was observed in 9% of infected patients. These results suggest a potential protective effect in-vivo of tixagevimab/cilgavimab during the study period despite the circulation of different Omicron sublineages.
ABSTRACT
Background: Immunocompromised hosts with prolonged SARS-CoV-2 infections have been associated with the emergence of novel mutations, especially in the Spike protein, a key target for vaccines and therapeutics. Here, we conducted a case-control study to measure the genetic diversity of SARSCoV- 2 and to search for immunocompromised-specific minority variants. Method(s): SARS-CoV-2-positive patients with lung/cardiac/kidney transplant, HIV-positive, or treated with high doses of corticosteroids for auto-immune diseases were considered as immunocompromised hosts. SARS-CoV-2-positive healthcare workers with no auto-immune disease were used as controls. Samples were analyzed by RT-qPCR at Pitie-Salpetriere and Bichat Claude-Bernard university hospitals (Paris, France). Samples with Cycle threshold < 30 were selected for SARSCoV- 2 whole-genome sequencing using Oxford Nanopore protocol. Raw sequence data were mapped onto the Wuhan-Hu-1 reference genome, and consensus sequences were produced to determine the lineage. Only sequences covering at least 95% at >=50X depth of the Spike gene were investigated. In-house algorithms were developed to identify all majority and minority mutations in Spike. We defined a minority variant when it was present in >=6% and < 50% of the reads;and a majority variant when it was present in >50%. Result(s): We sequenced SARS-CoV-2 genome from 478 COVID-19- positive immunocompromised patients and 234 controls. More minority non-synonymous mutations in Spike were detected in viruses from immunocompromised hosts, compared to viral genomes from controls, in both Delta (p=0.001) and Omicron (p< 0.001) lineages, but not in Alpha (p=0.66) (Figure 1). Interestingly, among the 52 patients infected with the Delta variant, we concomitantly detected at low frequencies the mutations H655Y, N764K, D796Y, in three patients (associated with different auto-immune disease), that are part of Omicron variants signature mutations. Similarly, some patients (n=7) infected by Omicron BA.1 lineage had R346T at low-frequency, later fixed in Omicron BA.4.6 and BQ.1.1 lineages. None of these mutations were observed in the viral genomes from controls. Conclusion(s): Here, we report a higher genetic diversity in Spike gene among SARS-CoV-2 sequences from immunocompromised hosts for Delta and Omicron lineages. These results suggest that immunocompromised patients are more likely to allow viral genetic diversification and are associated with a risk of emergence of novel SARS-CoV-2 variants. (Figure Presented).
ABSTRACT
Serology studies provide limited information on immunity against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This cross-sectional study aimed to assess prevalence and determinants of anti-SARS-CoV-2 cellular immunity in a cohort of heart transplant (HT) recipients. All consecutive HT recipients followed-up at our outpatient clinic between February and June 2022 providing informed consent were included in this observational cross-sectional study. We quantified SARS-CoV-2 Spike (S)-reactive and Nucleocapsid (N)-reactive T cells using enzyme-linked immunospot assay. A positive response was defined as S or N reactivity >8 spots/2 × 105 lymphocytes. Clinical characteristics, laboratory data, immunosuppressive regimen and vaccination status were compared between patients with and without SARS-CoV-2 S-reactive T cells. Categorical variables were described as number (%) and continuous variables with median [IQR]. Among 201 patients (age 58 [45-65] years, 77% males, time since transplantation 51 months [24-81]), 97 (48%) exhibit S-specific T cells, of which 58 had in addition N-reactive T cells. CD4 and CD8 T lymphocyte count, glomerular filtration rate, immunosuppressive regimen were associated with T cell response (Table). Among patients with detectable SARS-Co-V-2 cellular immunity, numbers of S-reactive T cells were higher in patients who had detectable N-reactive T cells (277 vs 93 /106 T cells) (Figure). Our study provides new information on cellular immunity against SARS-CoV-2 in HT recipients. [ FROM AUTHOR] Copyright of Journal of Heart & Lung Transplantation is the property of Elsevier B.V. and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full . (Copyright applies to all s.)
ABSTRACT
Background: An emergency use authorization was issued in March 2021 for two combinations of monoclonal antibodies (MAbs) for SARS-CoV-2 infected patients at high risk of severe COVID-19. We performed a cohort study of patients receiving early treatment with Bamlanivimab/Etesevimab (B/E) or Casirivimab/Imdevimab (C/I) in a Paris university hospital. Methods: All patients receiving a MAbs therapy from March to July 2021 were included. Prescriptions were systematically advised by a multidisciplinary team. Both MAbs dual therapies were used up to May 12th, then only C/I due to local emergence of Delta variant. Nasopharyngeal swabs (NPS) were performed at diagnosis and 7 days after infusion. Additional NPS were collected for hospitalized patients at day 3 and during follow-up until negative RT-PCR or patients discharge. Viral sequencing was carried out and viral mutations were retained if present at more than 20% of viral subpopulations. Results: Overall, 66 patients (19 ambulatory) received a MAbs dual therapy for a documented SARS-CoV-2 asymptomatic infection or within 5 days after symptoms onset. Patients had a median age of 67 years [IQR=41-75], 53% were male, 30 (45%) were receiving immunosuppressive treatment (17 being solid organ recipients), 8 (12%) had chronic respiratory insufficiency, and 6 (9%) were receiving chemotherapy. Regarding variants, 82% were Alpha, 5% Delta and 13% other variants. 8 patients (12%) died (6 treated with B/E and two with C/I). Five deaths were related to COVID-19 worsening and three were unrelated. Among the surviving patients, 42 (64%) did not require any oxygen and 16 (24%) required low-flow oxygen. No severe adverse event related to MAbs occurred. A slower viral decay was observed among patients receiving B/E than C/I, with 17/29 and 5/13 having <30 Ct at day 7 post-infusion (p=0.3), respectively, and 9/14 and 1/8 at day 14 (p=0.03). Different Spike mutations emergence were observed including Q493R in 7 patients and E484K in 2 patients, all infected with an Alpha variant, and detected from 6 to 18 days after MAbs infusion. Among the 9 mutations, 8 occurred after B/E infusion and one Q493R occurred after C/I infusions. Conclusion: We described safety and efficacy of early MAbs therapies administration in a cohort of 66 patients at risk of severe COVID-19. Emergence of mutations were observed under both therapies, with increased frequency under B/E. Further studies including patients infected by Delta variant and receiving C/I infusion are ongoing.
ABSTRACT
Background: Recent studies reported poor to moderate humoral response after two vaccine doses in heart transplant recipients (HTR). Currently, French healthcare authorities recommend 2 and 3 vaccine injections for transplant recipients with and without prior SARS-CoV-2 infection, respectively. This study aimed to evaluate level and durability of humoral immunity with this vaccination strategy. Methods: This single-center cohort study included HTR followed at Paris Bichat hospital between January 2020 and September 2021. Analyses were performed using automated immunoassays (Abbot) to quantify anti-spike IgG (cut-off ≥ 7.1 BAU/mL) and anti-nucleocapsid IgG (cut-off index > 0.49), respectively. Categorical variables were described as number (%) and continuous variables with median (IQR). Results: A total of 181 HTR (75.7% males, age 58 y [47-66]) transplanted between June 1990 and June 2021, with cardiomyopathy (n=95), coronary artery disease (n=61), valvular cardiomyopathy (n=19) or other transplant indications were included. Median time from transplantation to first vaccine dose was 4.2 y [1.8-6.6]. 143 HTR (79%) had no SARS-CoV-2 infection history (HTRn) and 38 (21%) contracted the infection (HTRi) (56% before and 42% after vaccination initiation). After 2 vaccine injections, anti-S IgG seroconversion was observed for only 16% (n=12/76) of HTRn. Overall, anti-S IgG titers were lower in HTRn than in HTRi (0.5 [0.2-2.6] vs 578 [1.4-4449] BAU/mL, respectively, p=0.0001). The 3rd vaccine dose enabled to obtain 42% (n=33/72) of seroconversion among HTRn with median anti-S titers of 3.2 BAU/mL [0.4-35.0]. Only half seroconverters HTRn reached the 260 BAU/mL cut-off chosen by French authorities to define vaccination efficacy. Interestingly, these patients seem to have a sustained humoral response 4 months after the 3rd dose. Conclusion: This study gives new insights on the effect of the 3rd vaccine dose in HTR with low rate of seroconversion and low titers of anti-S IgG but sustained humoral response when seroconversion occurs. Studies on vaccine efficacy against SARS-CoV-2 variants and cell-mediated immune response in this cohort are ongoing.
ABSTRACT
Background: In 2020, France reported 2.7 million cases of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), making it the second most affected European country by the COVID-19 pandemic after the United Kingdom. However, dynamics of SARS-CoV-2 transmissions within France or between France and other countries remains partially characterized. We propose an analysis of these dynamics on multiple scales, from the continents to the French administrative regions. Methods: We produced 736 SARS-CoV-2 sequences from Ile-de-France (Paris area, France) and analyzed them concomitantly with GISAID deposited sequences to elucidate the origins and spread of the virus from January 2020 to December 2020. A total of 4,571 worldwide sequences, including 1,652 French sequences, constituted the final dataset. All sequences were selected to be representative of each country temporal distribution of SARS-CoV-2 to the week resolution. We used a maximum likelihood phylogenetic framework to estimate the most probable temporal and geographic spread of SARS-CoV-2 within France and worldwide. Depending on the geographical focus (France, Europe or worldwide), we pruned the tree accordingly in 1,000 independent replicates. Results: Phylogenetic analysis revealed that, during the 1st French epidemic wave (from March to May), the majority of viruses introduced to France came from North America (USA) and Europe (Spain, Italy, ?). France regularly transmitted to neighboring European countries: Belgium, Germany, Italy and United Kingdom. Contrary to the 1st wave, inter-country transmission events were limited to neighboring countries and intercontinental transmission were almost absent during the French 2nd wave (from September to November). At the French regions-scale, we observed that Ile-de-France (IDF) was the main source of infections for all other French regions during the 1st epidemic wave, with a minor participation of Provence-Alpes-Côte d'Azur (PACA). For the 2nd epidemic wave, PACA was the main source of infections for all other French regions, with a lower participation of IDF and other regions. Conclusion: Overall, our findings allow a more comprehensive representation of SARS-CoV-2 transmission chains related to and within France and the global temporal distribution of those events, in link with control measures applied during the whole 2020 period. IDF and PACA were the main hubs of transmissions in France for the 1st and the 2nd epidemic waves, respectively.
ABSTRACT
Background: Small studies have reported that high levels of free SARS-CoV-2 nucleocapsid-antigen in sera (N-antigenemia) was associated with prognostic. Here, we assessed the association between N-antigenemia levels and patient's outcome in a large cohort of hospitalized patients. Methods: We analysed data from patients with at least one sera sample that were included in the French COVID cohort between January, 25 2020 and September, 2 2020. N-antigenemia levels were determined with the COV-Quanto® assay (AAZ) with a limit of detection of 2.98 pg/mL. IgG (anti-N, anti-S and anti-RBD) levels were assessed using the V-PLEX panel assay (MSD). Patient's outcome was classified in three groups: death, recovery with ICU transfer (ICU) and recovery without ICU transfer (Hospital). Results: We included 1166 samples from 357 patients, with 66% of male and a median age at 63 years [IQR: 52-71]. A total of 82, 96 and 142 patients were in the Death, ICU and Hospital groups, respectively. The sensitivity of N-antigenemia was 79% (131/165) within the first 10 days SSO (since symptoms onset) and 62% (365/589) from 11 to 30 days SSO. Positivity rates were significantly different across severity groups from 0 to 15 days SSO: 95% (95/100), 64% (118/183), 79% (83/105) (p<0.001) for Death, ICU and Hospital groups, respectively. Among positive patients, a significant gradient was found in the levels of N-antigenemia according to disease severity, with median levels of 302, 134 and 89 in Death, ICU and hospital groups, respectively. Similar relationships were found when stratifying on the time SSO (see figure). Overall, 95, 80, 43 and 22% of N-antigenemia >10,000, >5,000, >1,000 and <1,000 pg/mL corresponded to patients who died. IgG antibodies titers were not correlated to severity and the presence of both sera N-antigen and anti-N IgG was observed for 42% (490/1166) samples. Conclusion: We observed, on a large prospective cohort, a strong relationship between N-antigenemia and COVID-19 severity. This new diagnostic tool should help to prognostic evaluation of COVID-19 patients. To our knowledge, COVID-19 is the first demonstration of the presence of free antigenemia in a viral pneumonia, and its association with prognostic.
ABSTRACT
Introduction A ce jour, peu de données sont disponibles sur la concordance de la détection des virus respiratoires (en dehors du SARS-CoV2) entre le prélèvement nasopharyngé (NP) et le lavage broncho-alvéolaire (LBA) chez l'adulte. L'objectif de cette étude était de décrire la concordance de leurs résultats. Matériels et méthodes Une analyse rétrospective monocentrique a été réalisée à l'aide des données de 276 adultes suspects de pneumonie et testés par PCR multiplex dans le NP et le LBA à 24 heures d'intervalle. Résultats Les patients étaient majoritairement des hommes (65 %), avec un âge médian de 60 ans[IQR : 50,9-67,8]. 169 patients (61 %) ont été admis en réanimation Nous avons détecté au moins un virus respiratoire dans 95 NP (34 %) et dans 80 BAL (29 %). Comparé au LBA, le NP avait une sensibilité de 71,6 % et une spécificité de 93,4 % et un coefficient Kappa de 0,67. Le même agent pathogène ou combinaison d'agents pathogènes a été observé chez 84 % des patients positifs à la fois sur le NP et le LBA. La grippe B, le parainfluenza, les coronavirus HKU1, NL63, 229E présentaient la concordance la plus élevée (100 %) entre le NP et la LBA, tandis que le coronavirus OC43 et le rhinovirus présentaient la concordance la plus faible (33 % et 67 %, respectivement).Nous avons observé que les patients atteints d'une maladie respiratoire chronique ont une plus faible concordance entre le NP et LBA avec un OR ajusté à 0,5, IC 95 % (0,25-0,97), p = 0,043. Conclusion Dans ce travai, Il y a une bonne concordance entre le NP et le LBA dans la détection des virus respiratoires chez les patients consultant avec une suspicion de pneumonie. Néanmoins, ces données encouragent toujours à réaliser un LBA lorsque cela est possible afin d'obtenir un diagnostic étiologique plus précis. Aucun lien d'intérêt
ABSTRACT
Introduction Les populations de sans domicile fixe ont un taux de mortalité supérieur à celui de la population générale. Ceci est en partie en lien avec des maladies chroniques non suivis, des problèmes d’addiction ainsi qu’une exposition plus forte aux maladies transmissibles, en particulier respiratoires. Nous avons réalisé une étude pour évaluer les taux d’attaque, d’hospitalisation et de mortalité liés à l’infection par le SARS-CoV-2 dans une population de résidents de centres d’hébergement pour sans-abri et du personnel à leur contact. Matériels et méthodes Une étude sérologique rétrospective a été réalisée sur l’ensemble des résidents et des membres du personnel de trois centres d’hébergement pour sans-abri entre mars et mai 2020 : 2 centres de lits halte soins santé (LHSS) et un dortoir de femmes. Nous avons inclus tous les adultes présents dans les centres d’hébergement ou décédés d’une infection avérée par le SARS-CoV-2. Les IgG anti-SARS-CoV-2 étaient détectés par le test ELISA « SARS-CoV-2 IgG Architect (Abbott) ». Un cas confirmé de SARS-CoV-2 était défini comme tout participant présentant une PCR ou une sérologie positive. Des sérologies de contrôle ont été prélevées quatre mois après la première sérologie positive. Résultats Nous avons inclus 100 résidents et 83 membres du personnel. Le taux de SARS-CoV-2 confirmé par PCR ou sérologie était de 72/100 (72,0 %) pour les résidents et de 17/83 (20,5 %) pour le personnel. Le taux d’hospitalisation chez les résidents était de 17/72 (25 %) et le taux de décès de 4/72 (5,6 %). Toutes les hospitalisations sauf une et tous les décès sont survenus chez des résidents des LHSS. Trente-quatre sur 68 (50 %) des résidents des LHSS présentaient au moins deux facteurs de risque de forme grave d’infection par le SARS-CoV-2. Les femmes hébergées dans le dortoir étaient plus jeunes, présentaient moins de comorbidité, avaient le taux d’attaque le plus élevé (90,6 %) et une morbidité-mortalité quasi nulle. Cinquante-deux sur 80 (63,4 %) des personnes ayant une première sérologie positive ont eu une sérologie de contrôle à 4 mois de la première sérologie et 8 mois environ de leur infection. Parmi eux, 44 (84,6 %) avaient conservé des sérologies positives. Conclusion Le taux d’attaque du SARS-CoV-2 était extrêmement élevé chez les résidents des centres d’hébergement pour sans-abri par rapport à la population générale. Le risque d’infection grave par le SARS-CoV-2 était fortement associé à la présence de comorbidités à un plus jeune âge. Cette population à risqué doit être considérée comme prioritaire dans les campagnes de vaccination dans l’accès aux logements individuels pour les plus vulnérables.
ABSTRACT
Introduction En France, une Autorisation d’Utilisation Temporaire de cohorte (ATUc) a été délivrée le 27/02/2021 pour l’utilisation du bamlanivimab en monothérapie dans le traitement précoce (<5jours du début des symptômes) de patients adultes avec un COVID-19 léger à modéré confirmé par PCR et à haut risque d’évolution vers une forme sévère. Les patients concernés étaient les patients de >80 ans ou les patients de <80 ans immunodéprimés (transplantation, chimiothérapie, traitement immunosuppresseur). Le risque d’émergence de variants potentiellement résistants à un monothérapie par anticorps monoclonal anti-Spike, en particulier les variants E484K, avait été pris en compte lors de l’ATUc. Cependant, le bénéfice potentiel de ces traitements chez les patients à haut risque a été considéré comme supérieur au risque. Ici nous décrivons 6 patients ayant reçu de ce traitement, leur évolution et l’émergence de mutations de résistance sous pression de sélection. Matériels et méthodes Il s’agit d’une étude unicentrique en centre hospitalier universitaire. Le bamlanivimab a été administré à une dose unique de 700mg en injection IV d’une heure chez 6 patients qui ont accepté d’utiliser le traitement dans le cadre de l’ATUc. Le suivi virologique des patients a consisté en un test RT-qPCR itératif réalisé le jour de la perfusion ou la veille, à J3±1, à J5±1, à J7±1 puis tous les 3jours jusqu’à ce que la PCR soit négative. La sélection de mutation de résistance a été vérifiée par séquençage du génome complet du SARS-CoV-2 chez tous les patients. Résultats Les six hommes traités avaient un âge médian de 65 ans (extrêmes 35-97), plus de 3 comorbidités à haut risque d’évolution vers une forme sévère et 5 étaient infectés par un variant UK (N501Y.V1, B.1.1.7). Le traitement a été administré dans les 4jours suivant l’apparition des symptômes (médiane 2jours). Les 6 patients ont eu une évolution clinique favorable, deux ont eu besoin d’oxygène au débit maximal de 4 L/min. Aucun patient n’a eu besoin d’oxygénothérapie haut débit, d’une ventilation non invasive ou d’une ventilation invasive. À J20 après l’administration, un seul présentait une PCR nasopharyngée négative et 5 présentaient l’apparition d’une mutation E484K à différents moments après l’administration (J6, J7, J12, J14 et J26). Conclusion Chez ces patients à très haut risque d’évolution vers une forme sévère, la sélection de la mutation E484K après administration de bamlanivimab en monothérapie était très fréquente et bien plus importante qu’observée dans les premiers essais cliniques. Ceci peut être expliqué en partie par l’infection par un variant UK pour 5/6 patients décrits ici. L’émergence de résistance lors des bithérapies devra être suivi attentivement, notamment avec l’émergence des nouveaux variants.
ABSTRACT
OBJECTIVES: Molecular assays on nasopharyngeal swabs remain the cornerstone of COVID-19 diagnostic. The high technicalities of nasopharyngeal sampling and molecular assays, as well as scarce resources of reagents, limit our testing capabilities. Several strategies failed, to date, to fully alleviate this testing process (e.g. saliva sampling or antigen testing on nasopharyngeal samples). We assessed the clinical performances of SARS-CoV-2 nucleocapsid antigen (N-antigen) ELISA detection in serum or plasma using the COVID-19 Quantigene R (AAZ, France) assay. METHODS: Performances were determined on 63 sera from 63 non-COVID patients and 227 serum samples (165 patients) from the French COVID and CoV-CONTACT cohorts with RT-PCR confirmed SARS-CoV-2 infection, including 142 serum (114 patients) obtained within 14 days after symptoms' onset. RESULTS: Specificity was 98.4% (95% confidence interval [CI], 95.3 to 100). Sensitivity was 79.3% overall (180/227, 95% CI, 74.0 to 84.6) and 93.0% (132/142, 95% CI, 88.7 to 97.2) within 14 days after symptoms onset. 91 included patients had a sera and nasopharyngeal swabs collected in the same 24 hours. Among those with high nasopharyngeal viral loads, i.e. Ct value below 30 and 33, only 1/50 and 4/67 tested negative for N-antigenemia, respectively. Among those with a negative nasopharyngeal RT-PCR, 8/12 presented positive N-antigenemia;the lower respiratory tract was explored for 6 of these 8 patients, showing positive RT-PCR in 5 cases. CONCLUSION: This is the first evaluation of a commercially available serum N-antigen detection assay. It presents a robust specificity and sensitivity within the first 14 days after symptoms onset. This approach provides a valuable new option for COVID-19 diagnosis, only requiring a blood draw and easily scalable in all clinical laboratories.
ABSTRACT
Introduction Un nouveau coronavirus responsable de pneumonies a été identifié fin décembre 2019 dans la région de Hubei, en Chine : le SARS-CoV-2. Au 14/02/20, 64 460 cas ont été recensés dans le monde dont 99 % en Chine, avec une mortalité globale estimée à 2,1 %. L’unité des risques épidémiologiques et biologiques (REB) de notre établissement de santé de référence (ESR) a été mobilisée pour la prise en charge diagnostique des cas possibles. L’objectif de ce travail est de décrire les caractéristiques de ces patients. Matériels et méthodes Les cas étaient classés possibles à partir des critères proposés par Santé Publique France, modulés par les cliniciens de notre ESR en tenant compte de l’évolution rapide des données cliniques et épidémiologiques disponibles. Tous les cas possibles bénéficiaient d’un prélèvement naso-rétro-pharyngé avec RT-PCR spécifique SARS-CoV-2 et PCR multiplex respiratoire. Résultats Sur la période du 21/01 au 14/02/20, l’unité REB a reçu 288 signalements de patients suspects dont 101 (35,1 %) ont été classés cas possibles. Parmi ces cas, l’âge moyen était de 36 ans [26–42,5] et le sex-ratio de 0,7. Dix-huit (17,8 %) personnes revenaient de la région de Hubei, 63 (62,4 %) revenaient de Chine hors Hubei, 12 (11,9 %) avaient été en contact avec un cas confirmé et 10 (9,9 %) avaient eu un contact avec le système de santé en Chine. Le délai moyen entre le début des symptômes et le signalement était de 6jours [1–7]. Cliniquement, 45 (44,6 %) patients présentaient de la fièvre, 93 (92,1 %) des signes d’infection respiratoire basse et 41 (40,6 %) des signes d’infection respiratoire haute. Les signes d’infection respiratoire basse et haute étaient isolés chez 57 (56,4 %) et 5 (5,0 %) patients respectivement. Six (5,9 %) patients présentaient de la diarrhée et 3 (3,0 %) une conjonctivite. Quatre cas avaient une infection confirmée à SARS-CoV-2 dont 1 patient hospitalisé en réanimation. Parmi les 97 cas infirmés, 50 (51,5 %) avaient une infection virale respiratoire documentée dont 28 (28,9 %) un virus Influenza, 9 (9,3 %) un rhinovirus, 5 (5,2 %) un autre coronavirus, 4 (4,1 %) un adénovirus, 4 (4,1 %) un métapneumovirus et 3 (3,1 %) un virus respiratoire syncytial. Quarante-trois (44,3 %) des infections n’ont pas été documentées. Concernant les patients dont la PCR multiplex était négative, 41 (95,3 %) patients présentaient des signes d’infection respiratoire basse et 13 (30,2 %) des signes d’infection respiratoire haute. Conclusion Parmi les cas possibles d’infection à SARS-CoV-2, la majorité des patients était jeune et présentait des signes cliniques aspécifiques de virose respiratoire sans gravité. La grippe était le diagnostic virologique différentiel principal et 44 % des personnes testées avaient une PCR multiplex respiratoire négative.
ABSTRACT
Introduction Fin janvier 2020, 4 des premiers cas de COVID-19 diagnostiqués en France ont été pris en charge dans notre établissement de santé de référence. Nous décrivons ici leur évolution. Matériels et méthodes Les données cliniques, virologiques et radiologiques des patients ont été recueillies. La recherche de COVID-19 a été réalisée sur prélèvement nasopharyngé (NP), sérique, urinaire et fécal par RT-PCR semi-quantitative au diagnostic puis régulièrement au cours du suivi. La guérison, clinico-virologique, était définie par une disparition des symptômes et une négativation des RT-PCR sur 2 prélèvements NP à 48heures d’intervalle. Résultats Parmi les 4 patients confirmés, 3 présentations cliniques différentes ont été identifiées : – un cas de défaillance respiratoire à j10 d’évolution : un homme de 31 ans présentant initialement une toux fébrile. La charge virale (CV) SARS-CoV-2 sur le premier écouvillon NP était modérée (26,5 Cycle Threshold [CT]). La radiographie de thorax montrait un syndrome interstitiel bilatéral. À j10, le patient a présenté une détresse respiratoire aiguë avec nécessité d’oxygénothérapie haut débit et surveillance en réanimation. Le scanner thoracique montrait des plages de verre dépoli bilatérales et des opacités alvéolaires. Un traitement par remdesivir a été introduit, arrêté précocement à j5 en raison d’une cytolyse hépatique et d’une éruption cutanée non grave. L’évolution, clinique et virologique, a été favorable avec négativation de la RT-PCR sur prélèvement NP à partir de j11 ;– deux cas de pneumonies non compliquées : 2 femmes de 30 et 46 ans, diagnostiquées à j2, devant une toux et une fièvre modérée. Les radiographies de thorax étaient normales. Les scanners thoraciques réalisés de manière systématique montraient respectivement une condensation alvéolaire et des plages de verre dépoli. Au diagnostic, les CV sur écouvillon NP étaient élevées, 22 et 18,5 CT respectivement. Pour les 2 patientes, les selles étaient positives à SARS-CoV-2. L’évolution a été rapidement favorable avec disparition des symptômes et négativation des RT-PCR sur prélèvement NP à j9 pour l’une et en cours pour l’autre ;– un cas de SDRA : un homme de 80 ans, sans comorbidité majeure, avec pneumonie bilatérale sévère d’emblée compliquée d’une surinfection précoce à Acinetobacter baumannii et Aspergillus flavus. Au diagnostic, la CV sur écouvillon NP était modérée à 29,5 CT. Le SARS-CoV-2 a également été retrouvé en faible quantité dans le sang (36,9 CT) et dans la plèvre (37,3 CT). Un traitement par remdesivir a été introduit. L’évolution du patient a été défavorable avec décès à j24 en défaillance multiviscérale. Conclusion Trois profils cliniques de gravité variable d’infection COVID-19 ont été identifiés, de la pneumonie paucisymptomatique au SDRA. Au 16/02/20, 2 patients étaient guéris et sortis d’hospitalisation, 1 patiente était devenue asymptomatique et en cours de guérison virologique et 1 patient était décédé des suites de complications. Des investigations complémentaires restent nécessaires pour mieux connaître cette infection émergente.